電影《湄公河行動》改編自2011年發生在湄公河金三角流域的中國商船遇襲案，當時13名中國船員全部遇難，船上卻發現90萬粒毒品。為了還遇難同胞一個清白，中國公安集結警隊精英組成了此次案件的特別行動小組，企圖揪出案件的幕后黑手。然而過程并非他們想得那么簡單，事件的進展撲朔迷離，通往真相的道路更是險象環生。身手不凡的對手受雇與誰？普通商船上為何有大量毒品？一樁悲劇背后所隱藏了什么驚天陰謀？層層謎團等待被解開……